Abstract
La Risposta a interpello n. 102/2026 chiarisce come coordinare il Nuovo Patent Box con il credito d’imposta ricerca e sviluppo per i software sviluppati internamente.
Secondo l’Agenzia delle Entrate, quando l’impresa applica il meccanismo premiale del Patent Box, il credito R&S deve essere restituito tramite modello F24, usando lo stesso codice tributo e lo stesso anno di riferimento della compensazione originaria.
Il punto più rilevante riguarda il momento della restituzione: l’obbligo nasce quando la variazione in diminuzione viene indicata in dichiarazione, anche se l’impresa non ha ancora ottenuto un risparmio fiscale effettivo. La stessa impostazione vale anche per l’IRAP, pur in assenza di un meccanismo di riporto a nuovo.
Per le imprese, il cumulo tra le due agevolazioni resta possibile, ma richiede una verifica preventiva su costi già agevolati, capacità reddituale e liquidità disponibile.
Quando Patent Box e credito R&S si sovrappongono
La Risposta a interpello n. 102/2026 dell’Agenzia delle Entrate affronta un caso piuttosto concreto: una PMI innovativa attiva nella digitalizzazione aveva sviluppato internamente una piattaforma software e aveva già beneficiato del credito d’imposta per attività di ricerca e sviluppo.
Il credito era stato utilizzato prima secondo la disciplina dell’art. 3 del d.l. n. 145/2013, per i periodi d’imposta 2018 e 2019, e poi secondo quella prevista dall’art. 1, commi 198-209, della l. n. 160/2019, dal 2020 in avanti.
In un secondo momento, la società ha deciso di accedere anche al Nuovo Patent Box (art. 6 del d.l. n. 146/2021), scegliendo il meccanismo premiale previsto dal comma 10-bis. Questo regime consente di recuperare, attraverso la maggiorazione del 110%, le spese sostenute per la creazione del bene immateriale fino a otto periodi d’imposta prima dell’ottenimento del titolo di privativa.
Nel caso esaminato, il bene immateriale era un software, poi registrato presso il Pubblico Registro Software della SIAE, secondo quanto indicato dalla circolare n. 5/E del 2023. Sul piano operativo, la registrazione del software resta un passaggio da valutare con attenzione, anche perché può incidere sia sulla tutela del codice sia sulla ricostruzione documentale del bene immateriale. Sul tema, si veda anche l’approfondimento dello Studio sulla registrazione del software in SIAE.
Il problema nasce proprio qui: le stesse spese che avevano già dato diritto al credito R&S vengono considerate anche ai fini del Nuovo Patent Box. Il cumulo tra le due agevolazioni non è vietato in assoluto, ma richiede una nettizzazione del beneficio, cioè la restituzione della parte di credito d’imposta già fruita sui medesimi costi.
Per l’impresa, quindi, il punto non è solo capire se il Nuovo Patent Box sia conveniente. Prima ancora, occorre verificare quali costi siano già stati agevolati, quali vengano ora recuperati con il meccanismo premiale e quale importo debba essere riversato.
Da questa sovrapposizione derivano i tre quesiti posti all’Agenzia delle Entrate: come restituire il credito R&S, quando sorge l’obbligo di restituzione e se la stessa logica valga anche per la componente IRAP. Il primo nodo è operativo, ma non marginale: in assenza di una procedura espressa, come deve avvenire materialmente la restituzione?
La restituzione del credito R&S tramite F24
Il primo quesito riguardava le modalità concrete di restituzione del credito d’imposta già utilizzato dalla società.
Il problema nasceva dal fatto che la disciplina del Nuovo Patent Box non indica una procedura specifica per il riversamento del credito R&S da nettizzare. La società aveva quindi proposto una soluzione operativa semplice: usare il modello F24, indicando il medesimo codice tributo e il medesimo anno di riferimento già utilizzati in sede di compensazione.
La differenza sta nella sezione del modello: l’importo da restituire non deve essere indicato tra gli “importi a credito compensati”, ma tra gli “importi a debito versati”.
L’Agenzia delle Entrate ha condiviso questa impostazione. Il chiarimento è rilevante perché colma un vuoto pratico: per le imprese che hanno già fruito del credito R&S e intendono accedere al meccanismo premiale del Nuovo Patent Box, la restituzione può avvenire attraverso uno strumento ordinario, senza dover attendere una procedura autonoma.
Il punto va letto anche sotto un altro profilo. La restituzione non dipende da un utilizzo indebito del credito R&S. Il credito, infatti, era stato fruito in base alla disciplina applicabile nei periodi d’imposta di riferimento. Il riversamento serve solo a evitare che le stesse spese producano un doppio vantaggio fiscale, prima come credito d’imposta e poi come maggiorazione del 110% ai fini del Patent Box.
Questa interazione era già uno dei profili più sensibili del nuovo regime. Nel precedente approfondimento sul Nuovo Patent Box e la maggiorazione del 110% per i beni immateriali, lo Studio aveva già evidenziato il tema del cumulo con il credito d’imposta per ricerca e sviluppo.
Per questo, la corretta gestione documentale diventa centrale. L’impresa deve poter ricostruire quali costi hanno generato il credito R&S, quali costi vengono ora inclusi nel Nuovo Patent Box e quale quota debba essere restituita tramite F24.
Chiarito il “come”, resta il punto più delicato per la pianificazione fiscale e finanziaria: quando nasce l’obbligo di restituire il credito?
Il momento rilevante è la dichiarazione, non il risparmio effettivo
Il secondo quesito è il passaggio più delicato dell’interpello, perché riguarda il momento in cui sorge l’obbligo di restituzione del credito R&S.
La società aveva prospettato un caso frequente nella pratica: nel periodo d’imposta 2025, anno di registrazione del software presso la SIAE, la base imponibile IRES non sarebbe stata sufficiente ad assorbire l’intera variazione in diminuzione derivante dal Nuovo Patent Box.
In concreto, l’applicazione del meccanismo premiale avrebbe generato una perdita fiscale riportabile ai sensi dell’art. 84 del TUIR.
La domanda era quindi precisa: il credito R&S deve essere restituito già quando la variazione in diminuzione viene indicata in dichiarazione, oppure solo quando la perdita fiscale viene poi utilizzata per ridurre il reddito imponibile di un esercizio successivo?
La società aveva sostenuto una lettura collegata all’effettiva fruizione del beneficio. Secondo questa impostazione, l’obbligo di restituzione avrebbe dovuto sorgere solo nel momento in cui il Nuovo Patent Box produce un risparmio d’imposta concreto.
L’Agenzia delle Entrate ha però adottato una posizione più rigorosa. La restituzione deve avvenire nel periodo d’imposta in cui viene indicata in dichiarazione la variazione in diminuzione da Patent Box, anche se il risultato fiscale del periodo non consente un beneficio immediato.
Il momento rilevante, quindi, è quello dichiarativo. Non conta che l’impresa abbia già ottenuto un risparmio d’imposta effettivo. Conta che abbia applicato il meccanismo premiale e abbia fatto concorrere la variazione in diminuzione alla determinazione del risultato fiscale.
La conseguenza pratica è significativa: l’impresa può trovarsi a restituire il credito R&S prima di aver trasformato il Patent Box in un effettivo vantaggio fiscale. Per le società in perdita, o con redditi non sufficienti, questo può creare un disallineamento tra beneficio teorico e uscita di cassa.
L’Agenzia collega questa conclusione alla risposta a interpello n. 74/2018, nella quale era già stato affermato che la quota di reddito agevolabile ai fini Patent Box concorre alla determinazione della perdita fiscale di cui all’art. 84 del TUIR.
Questo approccio rende necessaria una simulazione preventiva. Prima di esercitare l’opzione per il Nuovo Patent Box, l’impresa dovrebbe verificare non solo l’ammontare dell’agevolazione, ma anche la propria capacità reddituale nel periodo di riferimento e l’effetto finanziario della restituzione del credito già fruito.
La stessa logica, secondo l’Agenzia, non si ferma all’IRES. Il punto diventa ancora più sensibile quando si passa alla componente IRAP, dove il sistema non consente il riporto a nuovo di un valore negativo.
IRAP e impatto sulla liquidità aziendale
Il terzo quesito riguardava la componente IRAP.
A differenza dell’IRES, l’IRAP non prevede un meccanismo di riporto a nuovo di un valore della produzione netta negativo. Se la base imponibile non è capiente, la parte di agevolazione non assorbita non può essere recuperata negli esercizi successivi, come invece accade per le perdite fiscali IRES ai sensi dell’art. 84 del TUIR.
La società aveva quindi sostenuto che, in assenza di un beneficio IRAP effettivamente fruibile, non dovesse sorgere alcun obbligo di restituzione del credito R&S per quella componente. Anche su questo punto, però, l’Agenzia delle Entrate ha adottato una lettura rigorosa. L’obbligo di restituzione opera anche ai fini IRAP, a prescindere dalla concreta fruibilità dell’agevolazione Patent Box.
Il ragionamento è coerente con quello già seguito per l’IRES: ciò che conta è l’applicazione del meccanismo premiale e l’indicazione della variazione in diminuzione nella dichiarazione relativa al periodo d’imposta di riferimento. Non rileva, invece, che quella variazione produca subito un risparmio d’imposta.
Per le imprese, questo è il punto più delicato. Il Nuovo Patent Box può generare un beneficio fiscale importante, ma il coordinamento con il credito R&S già fruito può determinare un effetto finanziario anticipato, soprattutto quando la società non ha una base imponibile sufficiente.
In questi casi, l’impresa può essere tenuta a restituire il credito d’imposta anche se il vantaggio derivante dal Patent Box è solo parziale, differito o, per la componente IRAP, non recuperabile negli esercizi successivi.
Per questo, prima di accedere al meccanismo premiale, è opportuno effettuare simulazioni preventive su IRES, IRAP e liquidità disponibile. Non basta calcolare la maggiorazione del 110% sulle spese sostenute: occorre verificare quali costi siano già stati agevolati con il credito R&S, quale importo debba essere restituito e in quale periodo d’imposta l’uscita finanziaria si collochi.
La Risposta a interpello n. 102/2026, quindi, non mette in discussione il cumulo tra Nuovo Patent Box e credito R&S. Chiarisce però che il cumulo richiede una gestione attenta, perché la convenienza fiscale deve essere letta insieme alla capacità reddituale e alla cassa dell’impresa.
Revisionato da: Arlo Canella
Data di pubblicazione: 21 Maggio 2026
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Giuseppe Ben Messaoud
Laureato in economia e finanza presso l’Università Cattolica del Sacro cuore di Milano.